Kostel Nejsvětější Trojice z let 1668-1682 se řadí k nejvýznamnějším barokním památkám jižních Čech. Hlavní oltář, se sochami českých patronů v nadživotních velikostech a centrálním obrazem P. Marie, obklopené Apoštoly a svatými ženami, jimž se ve svém majestátu odhaluje tajemství Nejsvětější Trojice, je celodřevěný a patří k největším svého druhu ve střední Evropě. Pod lodí kostela je v kryptě voda tří pramenů sváděna kanálky v jediný, který vyvěrá na povrch v blízkosti kostela jako studánka sv. Františka z Pauly. Této vodě byla přisuzována hojivá moc proti všem neduhům, zvláště očním, a místní i poutníci ji vyhledávají dodnes. Z kláštera pochází unikátní a krásná jemná dřevořezba Strom života z doby po polovině 17. století, který nyní mohou zájemci zhlédnout v sakristii chrámu sv. Jana Křtitele v Muzeu Jindřichohradecka v Jindřichově Hradci. Prohlídky kostela v Klášteře jsou možné po předchozí domluvě na tel.: +420 602 703 007 pro skupiny minimálně 5 osob.