Židovské osídlení je ve městě v nevelkém počtu doloženo od počátku 17. století. Roku 1653 žily ve městě tři židovské rodiny, roku 1783 nejméně devět židovských rodin a roku 1837 dvanáct rodin. Více Židů se do města stěhovalo po polovině 19. století, takže židovská náboženská obec byla nejsilnější v druhé polovině 19. století: roku 1869 žilo ve městě 95 Židů, roku 1880 celkem 87 Židů (3,3 % všech obyvatel), roku 1910 pak 48 Židů a roku 1930 již jen dvanáct Židů (0,3 % obyvatel města).
Židovské domy s modlitebnou byly nejpozději od 18. století soustředěny v Blanické ulici východně od náměstí a stávaly na jejím konci před mostem přes Blanici. Žádný z nich se nedochoval. Poslední modlitebna byla zřízena v patře židovského obecního domu na jižní straně Blanické ulice, který židovská obec zakoupila roku 1889. Naposledy se v ní bohoslužby konaly zřejmě roku 1923. Roku 1968 byl dům zbořen a na jeho místě byl později vystavěn hotel Blanice.
Židovský hřbitov se nachází 1,3 km severovýchodně od náměstí, na úbočí Holého vrchu u silnice vedoucí do osady Bečelov. Založen byl roku 1878. Celkově bylo od založení hřbitova až do druhé světové války na protivínském hřbitově pohřbeno kolem šedesáti zemřelých. Roku 1939 byl hřbitov zdevastován, posléze byla polovina náhrobních kamenů odvezena, z márnice zůstaly jen základy. V současnosti je na ploše hřbitova o velikosti 719 m2 dochováno kolem 25 náhrobků od doby založení hřbitova. Hřbitov je volně přístupný.
Zajímavost: Koncem roku 1744 vydala Marie Terezie dekret, který pro Židy znamenal vypovězení z Čech. Jako první byli postiženi Židé pražští, kteří do konce června roku 1745 museli opustit Židovské město. Mezi nimi byla i rodina Davida Kuha, jehož žena Taubele zemřela v Protivíně. Jelikož v té době ještě protivínský židovský hřbitov neexistoval, je pohřbena na židovském hřbitově v Dubu u Prachatic.