Židovské osídlení ve Vodňanech je doloženo od konce 14. století. V průběhu 16. a 17. století byli Židé z města vypovídáni nebo byl jejich počet redukován. V polovině 18. století je ve městě doloženo osm židovských rodin, roku 1831 celkem 93 Židů (3,4 % všech obyvatel), roku 1857 pak 237 Židů (5,5 %), roku 1880 dokonce 256 Židů (6,4%), roku 1900 celkem 149 Židů (3,7%) a roku 1930 již jen 114 Židů (2,6%).
Od konce 17. století byly židovské domy soustředěny v někdejší Židovské ulici (dnes Majerova ulice) mezi náměstím a východní městskou hradbou, nešlo ale o uzavřené ghetto, většinu obyvatel ulice tvořili křesťané. Synagoga byla postavena mezi lety 1837–1852 v Majerově ulici v těsném sousedství staré synagogy z roku 1744, která byla po polovině 19. století zbořena nebo stavebně splynula s domem čp. 152. Prostá pozdně klasicistní budova s valeně zaklenutým sálem byla roku 1877 zvětšena. Bohoslužebným účelům sloužila do druhé světové války. Roku 1956 byla přestavěna pro potřeby městského muzea, které v synagoze sídlí dodnes. Hlavní modlitební sál byl v té době rozdělen stropem na dvě podlaží.
Za synagogou se nachází budova bývalé školy čp. 153. Hřbitov se rozkládá 700 metrů jihozápadně od osady Pražák, na kopci na kraji lesa při červeně značené turistické stezce. Založen byl roku 1840 na pozemku zakoupeném od města v listopadu roku 1839. Vstup na hřbitov vede zděnou segmentovou brankou, která je uzavřena železnou mříží. Z márnice či vozovny zůstalo stát jen obvodové zdivo. Do dnešní doby se na ploše hřbitova o velikosti 1 608 m2 dochovalo 245 náhrobků od doby jeho založení do 30. let 20. století. Hřbitov je volně přístupný.
Zajímavost: Pozoruhodný je náhrobek zdobený motivem zlomeného stromu, který vychází z biblického textu „vyvrátil jako strom naději mou“. Tento ve střední Evropě oblíbený motiv symbolizuje předčasně ukončený život dítěte nebo mladého člověka.