Židé se ve městě usazovali od první poloviny 14. století a do 15. století tu vznikla relativně velká židovská obec se synagogou a hřbitovem před hradbami. V prosinci roku 1505 vypukly pogromy, následně byl Židům zkonfiskován majetek a byli z města vypovězeni. Novodobá židovská náboženská obec byla založena po složitých jednáních počátkem roku 1859 a postupně sílila až do druhé světové války: roku 1890 bydlelo ve městě 969 Židů (3 % obyvatel), roku 1930 to bylo 1138 Židů (2 % obyvatel).
Novogotická synagoga
Postavená v letec 1887 - 1888 byla roku 1942 zničena nacisty; na jejím místě byl v roce 1992 odhalen památník.
Hřbitov
Nachází se 2 km severovýchodně od hlavního náměstí, v Pekárenské ulici. Založen byl roku 1866 (do této doby byli českobudějovičtí Židé pochováváni v Hluboké nad Vltavou) a pohřbívalo se na něm do konce 70. let minulého století. Dnes je na hřbitově dochováno kolem 400 náhrobků od doby založení hřbitova a desítky podstavců a obrubníků. Prvním pohřbeným byl David Waldstein (zemřel roku 1867), jehož náhrobek se ale nedochoval. Nejstarší dochovaný náhrobek je z roku 1868 a náleží Leopoldu Fürthovi. Jedním z posledních lidí, kteří jsou na tomto hřbitově pochováni, je bývalý terezínský vězeň Hugo Hirsch (zemřel roku 1962). Na hřbitově je pohřbeno několik zajímavých osobností, např. krajský rabín Adam Wunder (1817–1905), rabín Karel Thieberger (1869–1938), hudební skladatel Rudolf Kende, středoškolský profesor Lev Herz (1893–1976), matka spisovatele Norberta Frýda Klára Friedová (zemřela roku 1935) nebo rodiče lékaře, spisovatele a výtvarníka Karla Fleischmanna Adolf Fleischmann (zemřel roku 1934) a Františka Fleischmannová (zemřela roku 1949). Ve hřbitovním domku se nachází stálá expozice věnovaná dějinám Židů ve městě. V jižní části hřbitova stojí památník obětem nacistické perzekuce v podobě pískovcové tumby, který byl slavnostně odhalen 15. října 1950. Hřbitov byl v minulosti dvakrát těžce poškozen, jednak za nacistické okupace, jednak v 60.–70. letech minulého století, kdy byly dvě třetiny náhrobků odvezeny. Hřbitov je uzamčen.
Zajímavost: Středověká synagoga zdobená nástěnnými malbami byla na počátku 16. století přeměněna na katolickou kapli, která v letech 1566–1568 přestala sloužit i křesťanským bohoslužebným účelům a následně byla přestavěna na obyčejný měšťanský dům s hospodou, jehož zbytky byly zbořeny roku 1908.