Zamek założony został w latach 1220–1235 u zbiegu rzek Otava i Volyňka przez ród szlachecki Bavorów. W 1243 r. Bavor I podarował wschodnią połowę zamku zakonowi joannitów, którzy ustanowił tu komturię. Zakon joannitów, dzisiaj znany jako Zakon Maltański, w XV w. przejął cały zamek. Najstarsza część zamku, kościół św. Prokopa i wieża Rumpál, mają elementy gotyckie. Renesans widoczny jest w wieży Jelenka, z kolei klasycyzm na fasadzie wschodniej części – pałacu. Od 1958 r. zamek jest objęty ochroną jako zabytek kultury Republiki Czeskiej. Ma tu swoją siedzibę Muzeum Środkowego Pootaví z wystawami o Strakonicku. Jedną z najstarszych zachowanych części zamku jest sień kapitularna z krużgankiem, dostępna do zwiedzania jest także czarna kuchnia. W części pałacowej ma siedzibę Miejskie Centrum Informacji Strakonice. Sale historyczne są wykorzystywane w czasie wystaw, wykładów czy imprez kulturalnych. W południowozachodniej części fosy zamkowej specjalnie dla najmłodszych turystów powstało małe zamkowe safari, gdzie żyją kozy karłowate, owieczki, kucyki i inne zwierzątka.
Ciekawostka:
Na terenie zamku strakonickiego w każdy parzysty rok odbywa się znany Międzynarodowy Festiwal Dud.